萱草的主要虫害：是红蜘蛛和蚜虫。

红蜘蛛：为细小而形似蜘蛛的红色虫子，主要在叶片背面刺吸汁液危害，被害处出现灰白色小点。可用40％乐果乳剂、20％螨卵脂可湿性粉剂等来防治。

蚜虫：主要发生在 5月份，先危害叶片，之后在花蕾上刺吸汁液，被害的花蕾瘦小，容易脱落。可用石硫合剂、40％乐果乳剂、25％马拉松乳油、烟草石灰水等来防治。

另外，在大花萱草繁育试验中发现，5至8月份蜗牛对大花萱草的危害较为严重，应及时做好防治措施。